瞬時轉(zhuǎn)染是在短時間內(nèi)獲得目的蛋白，而穩(wěn)定轉(zhuǎn)染是獲得能長期穩(wěn)定地生產(chǎn)目的蛋白的細(xì)胞株。

瞬時轉(zhuǎn)染時，外源基因并沒有轉(zhuǎn)染到細(xì)胞的染色體上，而是存在于游離的載體上，可以在短時間（1-3天）內(nèi)獲得基因的表達產(chǎn)物。

但是隨著細(xì)胞的不斷分裂增殖，外源基因最終會丟失，無法繼續(xù)進行重組蛋白的生產(chǎn)。

穩(wěn)定轉(zhuǎn)染是將外源基因轉(zhuǎn)染至細(xì)胞染色體上，目的基因不會隨著細(xì)胞傳代而消失，穩(wěn)定轉(zhuǎn)染的細(xì)胞株能夠長期穩(wěn)定地生產(chǎn)目的蛋白。

另外，穩(wěn)定轉(zhuǎn)染還能夠進行基因插入、基因敲除等編輯操作。

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